La nave había despegado de París a las 21:00hs del miércoles de Argentina y perdió contacto con los radares llegando a El Cairo. No se descarta ninguna hipótesis e inmediatamente comenzaron los operativos de búsqueda. 

El avión es un Boeing 737-800 y transportaba a 69 personas en total. La aerolínea difundió la siguiente imagen donde se puede ver el punto exacto donde se perdió el rasto:

La hipótesis que mas suena es la del impacto en el mar ya que el contacto con la aeronave se pierde pocos kilómetros después de haber entrado en el espacio aéreo egipcio sobre el Mediterraneo.

La última información indica que la aeronave se habria estrellado cerca de la isla de Karpathos.

Según una fuente del ministerio de Defensa griego, el capitán de un buque mercante informó hace horas de "una llama de fuego en el cielo" a unas 130 millas náuticas al sur de la isla de Karpatos. 

La última comunicación con el piloto del MS804 se registró cuando volaba la isla de Kea. El aparato abandonó el espacio aéreo heleno a las 3:25 hora local y entró en el espacio egipcio. Dos minutos después desapareció de los radares griegos.